前面 @一个男人在流浪 的回答（南岛人遍布大洋四大尼西亚，为何唯独没有进入澳大利亚？ - 澳微帮用户的回答）写得很有意思，令我受益匪浅。不过，根据近年的一项DNA研究（PLOS Genetics: The Genetic Structure of Pacific Islanders），南岛人有可能确实没有进入澳大利亚，而不是像@一个男人在流浪 所说，进入后因为过于贫瘠而离开；不但如此，而且连题目中所说“南岛人遍布大洋四大尼西亚”也很有可能是错的——南岛人遍布印度尼西亚、密克罗尼西亚、波利尼西亚不假，但与美拉尼西亚的土著未必有亲缘关系。（Genome scan shows Polynesians have little genetic relationship to Melanesians）
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一个男人在流浪
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谢邀
答案很简单——来晚了。
南岛人是大约在公元前3000年左右离开中国华南地区，途径台湾、菲律宾、印度尼西亚、新几内亚，最终迁徙到美拉尼西亚、密克罗尼西亚、波利尼西亚和马达加斯加的。具体的过程大家可以看我另外一个回答波利尼西亚人如何能只靠独木舟征服太平洋，独木舟上的吃喝、生火怎么解决？ - 一个男人在流浪的回答
在这个过程中，南岛人是肯定来过澳大利亚的。为什么如此肯定呢？澳大利亚和新几内亚最近处的托雷斯海峡仅有150公里宽，这对擅长航海的南岛人来说简直太轻松了，要知道，他们可是凭借着独木舟跨越了整个南太平洋，别说150公里，1500公里又何所惧。
但南岛人登上澳大利亚的海岸就会发现，澳大利亚早就有其他人类在此活动，他们就是——澳大利亚土著。
大家仔细看一看上图这个澳大利亚土著人的样貌。嗯……黝黑的皮肤，自然卷曲的胡须和头发，高高的颧骨，明显的颚凸，扁平的鼻子，厚实的嘴唇，有没有让你有一种置身东非大草原的错觉？没错，澳大利亚土著正是我们所说的尼格罗-澳大利亚人种，他们的故乡正是非洲！
有同学要说了：不对啊，初中地理早就说了，黄种人生活在亚洲，白种人生活在欧洲，黑种人生活在非洲，非洲和澳大利亚相隔十万八千里，怎么会有黑人来到遥远的澳大利亚呢？这一切要从7万年之前的一次伟大的人类迁徙说起了，我们可以把这次迁徙称为：走出非洲。
大约7万年之前，有一批尼格罗黑种人，不知道因为什么契机，自东非出发，沿东非沿岸、阿拉伯半岛、印度次大陆向东方迁徙。在迁徙的路上，有一些尼格罗人留在了印度、孟加拉和斯里兰卡，成为当今的维达人；有的来到安达曼群岛，成为了当今的安达曼人；更多的则继续向东方挺进。
彼时正是晚更新世，也就是我们常说的第四纪冰川期，因为全球气温下降，海水大量结冰，海平面比今天低八九十米，许多海底地带因此裸露出来成为陆地，今天的马来半岛和印度尼西亚苏门答腊岛、爪哇是连在一起的，今天的新几内亚和澳大利亚也是连在一起的，这两块大陆之间只隔着一湾浅浅的海峡，即今天的印度尼西亚弗洛勒斯岛附近，海峡之间还有许多岛屿相连，我们可以相信，一些尼格罗黑人通过木筏或其他工具，渡过了这些狭窄的海峡，终于来到了澳大利亚。这个时间应该是在距今4万年左右。
可是这样就引发了另外一个问题，即：虽然澳大利亚土著比南岛人更早来到澳大利亚，但为什么南岛人和澳大利亚土著不能在澳大利亚共存呢？
这完全是因为澳大利亚太贫瘠了！太贫瘠了！太贫瘠了！
澳大利亚，是世界上最小、最贫瘠、最干旱、最气候变化无常的大陆，受到副高气压影响，整个大陆的大部分区域都是干旱的戈壁、沙漠，很不适合人类生存，东部沿海区域降雨量尚可，但又存在气候不稳定这个因素，三年一旱，三年一涝。
比这还可怕的是澳大利亚缺乏可以人工驯服的植物和动物。
以植物来说吧，非洲人从须芒草里培育出了高粱，两河流域从山羊草里培育出小麦，中国人从狗尾巴草里培育出小米，南美印第安文明从大刍草里培育出玉米，然而澳大利亚几乎没有这种可以人工培育的禾本科植物，这就让农业在根本上变得不可能。即便是现代，农业技术已经这么发达了，科学家也只是从澳大利亚本土植物里培育出了澳洲坚果这一个原生作物。
再看动物。驯化牲畜，首先你当地必须有那种适合驯化的牲畜，适合驯化就是说好养活，效率高，对人类有用，典型的就是绵羊（产毛），山羊（产肉），牛（干力气活，产肉，产奶），猪（产肉，皮），马（快速交通，战马冲锋）。人类文明在各地驯化了不同的牲畜：撒哈拉南部非洲驯服了驴、西亚驯服了羊，欧洲和北非驯服了牛，亚洲驯服了猪、狗和鸡……澳大利亚没有野牛，没有野山羊，没有野马，没有野猪，没有鸡鸭鹅，没有狼。有人要说了，澳大利亚有袋鼠啊，有考拉啊，为什么不能驯服呢？它们有的在人工养殖状态下不能繁殖，有的脾气暴躁无法利用，比如袋鼠，它不能骑，不能耕地，也不能产毛。更要命的是，你农业都没发展起来，没有剩余的粮食作为饲料，大规模的畜牧就变得不现实。
缺乏可驯养的动物的严重危害可以见我另外一个回答：为什么北美那么优越的地貌条件却没有产生本土的较高级文明？ - 一个男人在流浪的回答
所以我们看看尼格罗人在来到澳大利亚之后的4万年里发展成什么样子吧：捕猎为主，采集为辅，没有农业，没有畜牧，没有文字，没有金属，甚至连酋长制的部落都没能发展出来，完全还停留在石器时代。这是因为他们不思进取吗？当然不是，这都是因为澳大利亚的环境限制把他们的文明逼到了死胡同，而为了活下去，澳大利亚土著一定已经拼尽全力。
我们设想一下南岛人来到澳大利亚之后的场景：你驾着独木舟，吃着火锅还唱着歌，晃晃悠悠就来到澳大利亚了。你庆幸自己找到了一片福地，可是举目望去，一片戈壁荒漠，还有好几百个黑乎乎的、明显营养不良快活不下去的土著人充满敌意的盯着你……你的内心一定是崩溃的。
我……我还是去当海贼王的男人吧。
林垚
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该研究显示，密克罗尼西亚人、波利尼西亚人、台湾原住民等之间的基因关系密切，但他们与美拉尼西亚人的基因关系则相当疏远。南岛人在美拉尼西亚地区没有留下多少基因痕迹，他们当初或许只是沿着美拉尼西亚的东北海岸短暂停留，便一路向东，进入并最终定居在密克罗尼西亚与波利尼西亚两大区域。澳大利亚在美拉尼西亚的西南方向，南岛人要踏足这片大陆，必须从北到南纵穿美拉尼西亚的岛屿；而既然他们蜻蜓点水一歇就走、未能深入美拉尼西亚岛屿的腹地，那么他们就很可能也并没有踏足澳大利亚。
为什么南岛人没有在美拉尼西亚久留？可能跟季风、洋流有关，也可能因为美拉尼西亚一带早已被土著占领。该研究发现，在美拉尼西亚人内部，各岛土著之间的基因分化程度很高，而且越靠近海岸地带分化越快；更重要的是，这种分化早在波利尼西亚人的先祖们过境美拉尼西亚之前数万年就已经开始了，也就是说，当波利尼西亚人的先祖们踏上这些小岛的海岸时，他们会发现这些地方早已被瓜分殆尽，只能再次扬帆起航，去往东边未知的无主之地。
当然，这项研究绝非最终的结论。随着科学技术的发展，我们将来也许能对南岛人的迁徙做出更精确的描述。
岳灵均
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2、南岛人首先到达的澳大利亚东北角的自然环境太不适合南岛人的农业，去了也只能离开。要不然就得改用当地土著的生活方式，跟当地土著抢资源，这样肯定抢不过。
3、如果南岛人首先到达的是跟印尼、马来类似气候的地方，哪怕当地有从事狩猎采集的土著，南岛人带着种子去，凭借农业社会的积累，一定可以取代土著。
所以南岛人没有留在澳大利亚，就像汉人扩张到实在不适合任何汉人的作物的地方就会停下来一样。